宿主免疫系統(tǒng)與腸道菌群的相互作用對維持腸道穩(wěn)態(tài)具有十分重要的作用。當(dāng)這種共生關(guān)系被破壞時(shí)，腸道菌群紊亂，可引起或促成疾病。

健康人群腸道菌群以益生菌為優(yōu)勢菌群，并保持菌種類型和數(shù)量的穩(wěn)定。有益菌黏附于腸黏膜表面，構(gòu)成了腸道的一層“微生物屏障”，通過占位、競爭、分泌有機(jī)酸及抑殺菌肽等機(jī)制，抑制致病菌和條件致病菌的入侵和生長，從而保持腸道微生態(tài)的平衡。

人體共生微生物群落處在平衡狀態(tài)中，有益菌的數(shù)量大于致病菌的數(shù)量，這對維持人體健康狀態(tài)十分重要。

人和哺乳動物胃腸道面積十分巨大，由于存在皺襞、絨毛和微絨毛等結(jié)構(gòu)，僅胃腸道黏膜面積就達(dá)到約400m2，而成年人體表面積也不過1.5~ 2.0 m2，顯然腸道是人體與外界進(jìn)行物質(zhì)交流的最大門戶，同時(shí)也是最大的免疫應(yīng)答場所，因此，腸道免疫十分重要。有研究表明，益生菌進(jìn)入黏膜下層被巨噬細(xì)胞吞噬，可增強(qiáng)黏膜局部免疫水平，該種細(xì)胞和體液免疫的增強(qiáng)作用也可提高抗腫瘤作用。

益生菌的抗原可刺激黏膜M細(xì)胞，從而促進(jìn)腸道黏膜免疫系統(tǒng)的發(fā)育；激活吞噬細(xì)胞和B淋巴細(xì)胞，使B淋巴細(xì)胞在黏膜淋巴樣組織中形成生發(fā)中心（淋巴濾泡），并轉(zhuǎn)化為漿細(xì)胞分泌黏膜抗體IgA。

研究發(fā)現(xiàn)，益生菌可通過多種途徑增強(qiáng)腸黏膜屏障功能：一是調(diào)控腸上皮細(xì)胞間緊密連接；二是益生菌通過占位效應(yīng)與致病微生物競爭黏膜細(xì)胞上的附著位點(diǎn)，從而限制病原微生物的侵襲和繁殖；三是益生菌可抑制腸黏膜細(xì)胞的溶破和凋亡，從而維護(hù)胃腸黏膜的完整性；四是有些益生菌可產(chǎn)生抗菌肽和溶菌酶，而被黏附益生菌的黏膜上皮細(xì)胞也可分泌一種黏蛋白，可束縛致病微生物，這些物質(zhì)屬于天然免疫物質(zhì)，有助于腸道預(yù)防感染和調(diào)節(jié)免疫系統(tǒng)。

過于強(qiáng)烈的免疫應(yīng)答為免疫超敏反應(yīng)，即過敏，是對機(jī)體有害物質(zhì)的免疫反應(yīng)。免疫耐受即對某些食物及環(huán)境常見的抗原或半抗原發(fā)生的不應(yīng)答或負(fù)應(yīng)答。研究發(fā)現(xiàn)，益生菌通過促進(jìn)免疫系統(tǒng)的發(fā)育，影響口服耐受的建立。

益生菌在腸道起到免疫佐劑的作用，其參與活化GALT，誘導(dǎo)T、B淋巴細(xì)胞和巨噬細(xì)胞分泌細(xì)胞因子，增強(qiáng)抗體的分泌，增強(qiáng)免疫識別力，促進(jìn)機(jī)體的非特異性和特異性免疫機(jī)能。